A fidaxomicina, aprovada pela Food and Drug Administration (FDA) em 2011, é o novo medicamento de escolha para pacientes em estágio inicial e em casos de recorrência da infecção.

O bezlotoxumabe, por ser considerado de baixo custo e de fácil aquisição, pode ser utilizado em todos os casos de infecção por Clostridioides difficile.

Apesar dos novos medicamentos aprovados, o metronidazol ou a vancomicina continuam sendo o tratamento de escolha para reduzir os episódios de recorrência da infecção.

A vancomicina endovenosa deve ser utilizada em associação ao metronidazol via oral para casos iniciais da doença.

O transplante de microbiota fecal é indicado em casos iniciais de infecção por Clostridioides difficile.