A atenção especializada é a única coordenadora do cuidado no território, devendo a atenção básica ser apenas um ponto de apoio administrativo.

As ações da PNAISC devem ser desenvolvidas de forma isolada, evitando a articulação com a rede de saúde materna, neonatal e infantil.

A PNAISC se organiza a partir da Rede de Atenção à Saúde e de seus eixos estratégicos, mediante a articulação das ações e serviços de saúde disponíveis nas redes temáticas, em especial aquelas desenvolvidas na rede de saúde materna neonatal e infantil e na atenção básica, esta como coordenadora do cuidado no território.

A organização da PNAISC prescinde de eixos estratégicos, baseando-se exclusivamente na oferta de serviços hospitalares de alta complexidade.

A competência de coordenar o cuidado no território local é exclusiva do Ministério da Saúde, sem participação das Secretarias Municipais.