A Mata Atlântica é caracterizada por formação vegetal de porte baixo e baixa diversidade de espécies, podendo apresentar diversos estágios sucessivos e vários estratos, com presença de serapilheira, cipós, epífitas e trepadeiras.

O manguezal é uma faixa estreita paralela ao litoral, de vegetação exuberante e com grande diversidade de espécies arbóreas, como pau-brasil, guapuruvu e o cambuci.

A caatinga apresenta uma grande riqueza de ambientes, vegetação do tipo savana estépica, e espécies que não são encontradas em nenhum outro bioma, denominadas espécies endêmicas.

Na Bahia, as principais ameaças à biodiversidade do cerrado são os solos secos e de baixa fertilidade, com altos níveis de ferro e alumínio.