Pacientes que sofreram infarto do miocárdio não devem ser submetidos à cirurgia periodontal nos seis meses posteriores à hospitalização; após esse período, somente em cooperação com o médico responsável pelo paciente.

Recomendam-se antibióticos profiláticos para pacientes transplantados que se encontrem submetidos ao uso de drogas imunossupressoras; o médico do paciente deve ser consultado antes da realização da terapia periodontal cirúrgica.

Pacientes portadores de leucemia aguda, agranulocitose e linfogranulomatose poderão ser submetidos à cirurgia periodontal, devendo ser realizada somente após consulta ao médico do paciente.

O uso da epinefrina para hemostasia durante a cirurgia periodontal apresenta alguns inconvenientes em potencial. A epinefrina produzirá uma vasodilatação tardia após a vasoconstrição, aumentando o risco de sangramento no período pós-operatório imediato.

A esclerose múltipla e a doença de Parkinson podem, em casos graves, impossibilitar a cirurgia periodontal ambulatorial. A paralisia, a função muscular prejudicada, o tremor e os reflexos incontroláveis podem tornar necessário o tratamento sob anestesia geral.