A infecção pelo HPV apresenta-se na maioria das vezes de forma sintomática, com lesões clínicas aparentes.

As lesões clínicas podem ser únicas ou múltiplas, restritas ou difusas, de tamanho variável, planas ou exofíticas, sendo também conhecidas como condiloma acuminado, verruga genital ou crista de galo.

No estágio invasor da doença, os principais sintomas são sangramento vaginal (espontâneo, após o coito ou esforço), leucorreia e dor pélvica, que podem estar associados com queixas urinárias ou intestinais nos casos mais avançados.

A adoção das vacinas anti-HPV não elimina a necessidade da prevenção secundária por meio do rastreamento, pois as mesmas não oferecem proteção para 30% dos casos de câncer do colo do útero causados por outros tipos virais oncogênicos.