A elaboração da PPI deve se dar em um processo ascendente, de base municipal, configurando as responsabilidades do Estado na busca crescente da equidade, da qualidade da atenção e na conformação da rede regionalizada e hierarquizada de serviços.

O processo de elaboração da programação pactuada entre gestores e integrada entre as esferas de governo deve respeitar a autonomia de cada gestor.

A Programação envolve as atividades de assistencial hospitalar e ambulatorial, da vigilância sanitária e de epidemiologia e controle de doenças, mas não observa os princípios da integralidade das ações de saúde, pois as atividades estão relacionadas a uma população específica.

A elaboração da programação observa critérios definidos pelas comissões intergestores e aprovados pelos Conselhos. No tocante aos recursos de origem federal, os critérios, prazos e fluxos de elaboração da programação integrada são fixados em ato normativo do Ministério da Saúde.

Os órgãos federais, Estaduais e municipais, bem como os prestadores conveniados e contratados têm as suas ações na programação do município em que estão localizados, na medida em que estão subordinados ao gestor municipal.