Nas amostras para bacteriologia, deve-se utilizar os swabs estéreis para colher o material, deixando-os secar fora da área de colheita, o que se consegue colocando-os em recipiente de plástico. Quanto mais rápido o swab for examinado, melhor.

Nas amostras fecais, as fezes utilizadas para pesquisa de enteroparasitas devem ser coletadas com a devida higiene, sendo recomendado o uso de um papel para a deposição das fezes, e depois, com um palito de madeira, recolhemse de 5 a 10 g de fezes em latinhas, potes plásticos ou vidros de boca larga, devidamente limpos.

As amostras de pelo servem, em princípio, para a identificação de lesões fúngicas, recomendando-se obtê-las das bordas externas das lesões ativas. O pelo deve ser cortado, pois sua raiz não é fundamental para o diagnóstico. Colocam-se as amostras em recipientes limpos e secos e, por fim, elas são encaminhadas ao laboratório.

As amostras para urinálise devem ser colhidas livre de contaminação interna e externa, para isso recomenda-se higiene da região urogenital com água e sabonete antes da coleta, sendo necessário colher o primeiro jato de urina a fim de minimizar contaminantes da uretra e região genital.