Bactérias endodônticas são naturalmente resistente às principais drogas antibióticas, estas bactérias são chamadas também de super bactéria.

Todas as bactérias da infecção endodôntica são desconhecidas, e não é possível a seleção de antibióticos específicos para tal infecção.

A ausência de circulação sanguínea na polpa dentária necrótica limita o trânsito do medicamento até o foco da infecção, fazendo assim do canal radicular um local propício a perpetuação da infecção bacteriana.

A grande quantidade de espécies bacterianas, torna difícil a seleção do antibiótico ideal, o que é de fundamental importância no controle de infecções.