As empresas supranacionais estão submetidas ao controle interno e externo, desde que a União participe, de forma majoritária, do seu capital social.

A execução da atividade de auditoria contábil e a de programas de competência dos órgãos de controle interno destinam-se somente aos órgãos da administração direta.

O campo de abrangência da supervisão ministerial é mais amplo que o da função controle interno, pois esta se restringe aos casos de controle deliberativo, ao passo que a supervisão ministerial se aplica a quaisquer casos de uso de recursos públicos.

Os três poderes devem manter, de forma integrada, sistema de controle interno, sendo uma de suas finalidades avaliar o cumprimento das metas previstas no PPA e a execução dos programas de governo e dos orçamentos da União.

A Lei de Responsabilidade Fiscal (LRF) apresentou uma nova tendência em relação ao controle interno e à supervisão ministerial, ao estabelecer que o relatório de gestão fiscal deve ser assinado pelas autoridades responsáveis pela administração financeira e pelo controle interno, além de ter dispensado o Ministério Público da União e dos estados da publicação do relatório de gestão fiscal.