A pré-lavagem é a etapa que antecede a lavagem. Deve ser realizada por meio de imersão completa dos materiais em detergente enzimático durante cinco minutos.

A lavagem é a etapa mais importante nos processos de esterilização e desinfecção, já que resíduos de matéria orgânica podem esconder no instrumento micro-organismos causadores de infecção.

A secagem não deve ser esquecida e faz parte do preparo correto dos artigos para posterior desinfecção ou esterilização. Deve ser realizada utilizando-se papel-toalha ou ar comprimido, segundo normas da Vigilância Sanitária

A lavagem ultrassônica é mais eficaz que a limpeza manual. Deve-se optar por ela sempre que possível.

A etapa de lavagem manual é realizada com esponjas ou palhas de aço, visando a retirada da camada passiva do aço do material.