O flúor incorporado sistemicamente no mineral dental tem um efeito importante no controle da cárie, pois a concentração de fluorapatita chega a 10%, constituindo o principal mecanismo da ação do flúor na prevenção da cárie.

Uma vez incorporada à estrutura dentária, a fluorapatita torna o dente menos solúvel aos ácidos produzidos no biofilme dental.

Quando o pH crítico cai para 4,5 e o dente perde minerais na forma de hidroxiapatita, íons cálcios e fosfatos dissolvidos retornam ao dente na forma de fluorapatita, resultando em redução da desmineralização do esmalte-dentina na presença de flúor.

Quando o pH do biofilme retorna à neutralidade, o flúor presente no meio ativa a capacidade remineralizante da saliva e o esmalte-dentina tem uma menor reparação dos minerais perdidos que teriam na ausência de flúor.

A presença de F constantemente na cavidade bucal para interagir nos eventos de desremineralização não garante a saturação do meio ambiente com os íons que compõem a fluorapatita.