Na esclerose sistêmica, o achado mais comum é a presença de esofagite, muitas vezes intensa.

Em pacientes com asma e uso crônico de corticoides inalatórios, na presença de disfagia, o achado endoscópico mais comum são úlceras esofágicas por herpes simples.

Em pacientes com doença de Crohn, são necessárias avaliação colônica e intubação ileal; com o exame completo, utiliza-se o escore de Mayo para classificar os achados.

Em pacientes com retocolite ulcerativa, pode-se encontrar úlceras e estenoses gastroduodenais, relacionadas à atividade da doença.

A descrição endoscópica de estômago em melancia pode estar presente em pacientes com cirrose, cujo tratamento de eleição atualmente é a fulguração com plasma de argônio.