Pressão de seleção artificial: Os organismos remanescentes no agroecossistema deixam de estar submetidos à seleção natural para serem submetidos a pressões artificiais de seleção.

Fluxo de energia mais aberto: Enquanto nos ecossistemas naturais a principal fonte é a energia direta do sol, os agroecossistemas possuem fontes auxiliares de energia.

Ciclagem de nutrientes mais aberta: Nos agroecossistemas, ocorre a entrada de nutrientes pela adição de fertilizantes orgânicos ou industriais.

Menor diversidade: A grande diversidade encontrada nos ecossistemas é suprimida, dando lugar a poucas espécies cultivadas, a poucas plantas consideradas “invasoras” e aos organismos associados a essas espécies.

Aumento dos níveis tróficos: Devido ao aumento da biodiversidade, ocorre um aumento dos níveis tróficos, que em geral há um crescimento dos produtores e seus consumidores diretos (no caso de culturas vegetais).