apenas os genes com relação de codominância podem ser utilizados nestas técnicas, o que restringe o sucesso na obtenção na prole.

os genes sofrem um processo de mistura no momento do cruzamento, o que pode levar à perda de determinadas características na espécie.

os genes apresentam diferentes relações de dominância, recessividade ou outras interações que são determinantes para a obtenção das características desejadas na prole.

apenas os genes das características descontínuas devem ser considerados para estas técnicas, sendo assim importante conhecê-los.

os genes para as características contínuas não interferem nestas técnicas, portanto podem ser desconsiderados.