No Brasil, o benzonidazol (ou benznidazol) é a única droga atualmente disponível para o tratamento específico, sendo contraindicada na gestação.

O nifurtimox pode ser utilizado como alternativa em casos de intolerância ao benznidazol, embora seja um medicamento de difícil obtenção na rede do sistema de saúde de alguns países, como o Brasil.

No caso de falha terapêutica com uma das drogas (benzonidazol ou nifurtimox), a outra pode ser tentada, apesar dos registros na literatura de eventual resistência cruzada.

O tratamento etiológico tem como objetivos: curar a infecção, prevenir lesõesorgânicas ou a evolução das mesmas e diminuir a possibilidade de transmissão do T. cruzi.

A intolerância ao benznidazol é comumente observada em crianças e em pacientes na fase aguda de qualquer faixa etária, sendo menos frequente em adultos na fase crônica.