Estão localizadas na fossa tonsilar, um espaço formado pelo istmo das fauces, que é uma cavidade delimitada anteriormente pelo músculo constritor superior da faringe e pela fáscia faringobasilar.

O istmo das fauces é delimitado anteriormente pelo arco palatofaríngeo e posteriormente pelo arco palatoglosso.

Lateralmente, as tonsilas palatinas estão fixas à parede orofaríngea por uma cápsula fibrosa e são revestidas por um epitélio escamoso estratificado no lado faríngeo.

As tonsilas possuem 15-20 criptas formadas por invaginações da mucosa.

O lúmen das criptas contém linfócitos, bactérias e células epiteliais do tipo não queratinizadas.