Os microrganismos do solo são representados por cinco grandes grupos: bactérias, actinomicetos, fungos, algas e protozoários.

A quantidade dos microrganismos e a diversidade é bastante elevada, apesar destes organismos constituírem de 10 a 14% do carbono total e ocuparem menos de 12% do espaço poroso do solo.

O solo é normalmente um ambiente estressante, limitado por nutrientes, somente 15% a 30% das bactérias e 10% dos fungos encontram-se em estado ativo.

Os componentes microbianos vivos do solo são também denominados de biomassa microbiana e as bactérias e fungos respondem por cerca de 90% da atividade microbiana do solo.

Os microrganismos do solo desempenham papel fundamental na gênese do solo e ainda atuam como reguladores de nutrientes, pela decomposição da matéria orgânica e ciclagem dos elementos, atuando, portanto, como fonte e dreno de nutrientes para o crescimento das plantas.