é vedada a transferência de recursos do FUNPEN a organização da sociedade civil que administre estabelecimento penal destinado a receber condenados a pena privativa de liberdade.

os recursos do FUNPEN transferidos aos Estados podem ser destinados ao caixa único do tesouro estadual, na hipótese de inexistência de Fundo Penitenciário estadual.

a não utilização dos recursos transferidos, nos prazos definidos, obrigará o ente federativo à devolução do saldo remanescente devidamente atualizado.

os Municípios não se encontram incluídos entre os destinatários de transferências obrigatórias de recursos do FUNPEN.

os recursos do FUNPEN podem ser contingenciados pela União para fins de atendimento a demandas de ajuste fiscal.