Esta fase engloba instruções de higiene oral, remoção de cálculos, reparo ou substituições das restaurações defeituosas, tratamento da cáries e reavaliação.

Após a fase I, pacientes que permanecem com bolsas acima de 5mm devem ser submetidos ao tratamento cirúrgico.

O agente com melhores resultados no controle químico da placa bacteriana até o momento é a clorexidina. Além disso, não apresenta efeitos colaterais locais com o uso prolongado.

O método de escovação mais recomendado pela literatura para pacientes com doença periodontal é a técnica de Bass.