Os testes moleculares podem ser utilizados para confirmação diagnóstica, permitindo o diagnóstico de infecções agudas e/ou recentes.

Os indivíduos HIV-positivos “controladores de elite” podem apresentar resultados indetectáveis nos testes moleculares. Nesse caso, o diagnóstico deverá ser realizado com testes complementares convencionais.

Todos os indivíduos que apresentarem resultados reagentes em dois testes rápidos para HIV devem realizar o exame de quantificação da carga viral do HIV, cujo resultado confirma a presença do vírus, e a contagem de linfócitos T CD4+.

Dos 6 fluxogramas para testagem da infecção pelo HIV, o fluxograma 5 é o mais indicado, uma vez que são utilizados um teste de ELISA de 3ª geração para fins de triagem, seguido de dois testes moleculares para a confirmação dos resultados.

Um resultado igual ou acima de 5.000 cópias/mL no exame de quantificação da carga viral do HIV confirma o diagnóstico, quando este teste é utilizado como teste complementar.