Assistir direta e imediatamente ao Ministério Público da União quanto ao desempenho das suas atribuições nos assuntos e providências no que tange à defesa do patrimônio público, ao controle interno, à auditoria pública e ao combate à corrupção no âmbito da Administração Pública Federal.

Substituir as entidades privadas de auditoria externa, realizando procedimentos de asseguração das informações contábeis e de controles internos, nas empresas públicas, autarquias, fundações e demais órgãos da administração direta e indireta, emitindo relatórios ou pareceres de auditoria.

Julgar, em conjunto com a Advocacia Geral da União (AGU), nos casos em que se configure improbidade administrativa, bem como aqueles que configurem bloqueio ou indisponibilidade de bens, ressarcimento ao erário ou outras providências cabíveis à cargo da AGU.

Como organismo ligado à Administração Pública Federal, a sua competência é limitada no que se refere às fiscalizações especiais nos diversos órgãos da Administração nas esferas estadual e municipal, sendo vedada a sua atuação como organismo de controle nesses organismos, os quais são fiscalizados pelos Tribunais de Contas estaduais e municipais.

Requisitar a instauração de sindicância, procedimentos e processos administrativos outros, bem como avocar os que já se encontram em curso nas diversas esferas da Administração Pública Federal, visando corrigir o andamento, inclusive ao promover a aplicação de penalidades administrativas quando identificar omissão da autoridade competente.