A auditoria do SUS é estabelecida por meio do Sistema Nacional de Auditoria - SNA, instituída pela Lei nº 8.689, de 27 de julho de 1993, e regulamentada pelo Decreto nº 1.651, de 28 de setembro de 1995. O SNA é organizado para funcionar em todos os níveis de governo, por meio dos órgãos de auditoria interna do SNA, que são as unidades de auditoria interna localizados nos níveis federal, estadual e municipal do SUS. Para obter um bom funcionamento deve se observar: