A teoria da conservação de unidades ecológicas tem utilizado consideravelmente a Bacia Hidrográfica como base.

O uso dos recursos naturais, sua conservação, sua preservação e a recuperação de ecossistemas relacionam-se com a visão sistêmica e integrada da unidade Bacia Hidrográfica.

A qualidade da água, obtida através da investigação dos parâmetros físicos, químicos e biológicos, é um indicador expressivo das características de uma Bacia Hidrográfica e dos impactos decorrentes das atividades humanas na área envolvida.