Pode-se afirmar que os conceitos de controle de doenças em plantas possuem uma conotação econômica (prevenção dos prejuízos de uma doença) e biológica (redução na incidência ou severidade de uma doença). Assim, no controle de doenças de plantas é fundamental o conhecimento sobre: a etiologia dos patógenos; as características das doenças; o ciclo das relações patógeno x hospedeiro; e os métodos de controle disponíveis.

Os princípios biológicos gerais de controle de pragas e doenças em plantas são: I) ações sobre o patógeno - exclusão (prevenção da entrada de um patógeno numa área ainda não infestada) e a erradicação (eliminação do patógeno em uma área em que foi introduzido); e II) ações sobre o hospedeiro - proteção (interposição de uma barreira protetora entre as partes suscetíveis da planta e o inóculo do patógeno) e imunização (desenvolvimento de plantas resistentes ou imunes).

Dentre as medidas que objetivam a eliminação completa do patógeno de um local, destacam-se: eliminação de vegetais doentes; eliminação de hospedeiros selvagens; aração profunda; eliminação de restos culturais; aplicação de fungicidas, bactericidas e inseticidas visando diretamente os patógenos; e quarentena.

As medidas que visam evitar a colonização do patógeno na planta hospedeira podem ser classificadas em dois tipos: imunização genética (variedades imunes, resistentes e tolerantes) e imunização química (substâncias químicas que inibem a colonização do patógeno).