Em seguimento à erradicação da varíola, inicia-se em 1970 a 1ª Campanha Nacional de Vacinação contra a Poliomielite, com a meta de vacinar todas as crianças menores de dez anos em uma semana.

O PNI fez parte da Fundação Nacional de Saúde no período de 1980 a 2001, a partir de 2001, passou a integrar o DEVEP/SVS – Departamento de Imunizações da Fundação Oswaldo Cruz, inserido na Agência Nacional de Saúde Complementar.

O PNI é, hoje, parte integrante do Programa da Organização Mundial da Saúde, com o apoio técnico, operacional e financeiro da UNICEF e contribuições do Rotary Internacional e do Programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD).

Em 1960, foi formulado o Programa Nacional de Imunizações (PNI), por determinação do Ministério da Saúde em conjunto com o Ministério dos Direitos Humanos, com o objetivo de coordenar as ações de imunizações que se caracterizavam, até então, pela descontinuidade, pelo caráter episódico e pela reduzida área de cobertura.