No âmbito da saúde, um dos objetivos reais do mapa, especialmente em relação às doenças transmissíveis, é compreender a relação entre o agente, o hospedeiro e o ambiente. Essas relações são as chamadas tríade ecológica.

O primeiro mapa global de doença apareceu no século XVI.

No século XVIII, com a ascensão da saúde pública e das ciências sanitárias, a cartografia médica viveu o auge da sua utilização e reconhecimento, deixando de ser usada como ferramenta meramente descritiva.

Um dos principais objetivos da cartografia médica, desde o início do século XVIII, foi entender todos os tipos de doenças existentes, a letalidade, a virulência, e o odds ratio de cada uma.