O Programa de Auditoria é o plano de ação genérico, destinado a orientar adequadamente o trabalho do administrador, permitindo-lhe, ainda, complementá-lo quando circunstâncias imprevistas o recomendarem.

O Programa de Auditoria constitui-se no desenvolvimento do Plano de Auditoria, executado previamente aos trabalhos de campo, embasado em objetivos definidos e nas informações disponíveis sobre as atividades da entidade auditada.

O Programa de Auditoria deverá contemplar todas as informações disponíveis e necessárias ao desenvolvimento de cada trabalho a ser realizado, com vistas a determinar a extensão e profundidade deste, considerando a legislação específica, o resultado das auditorias anteriores, normas próprias da entidade a ser auditada.

A elaboração de um adequado Programa de Auditoria deve incluir: determinação precisa do objetivo da auditoria; definição e alcance; identificação da documentação; material a ser utilizado; estabelecimento de técnicas apropriadas; estudo e avaliação; programa de controle; papéis de trabalho e nota de trabalho.