Apesar de ser um marco para o incentivo do desenvolvimento das fontes alternativas de energia no Brasil, o Proinfa é limitado pelo fato de não estimular a integração de novas fontes de energia com o Sistema Interligado Nacional (SIN).

Uma das limitações do biodiesel é a necessidade de grandes plantações de mamona ou dendê para a sua produção em escala industrial, o que pode afetar a produção de alimentos

Os incentivos financeiros previstos para o Proinfa são oriundos majoritariamente do fundo setorial CT-Energia e abrem espaço para grande participação de tecnologia e capital estrangeiros.

A participação significativa do BNDES no financiamento das linhas de crédito do Proinfa não foi prevista, o que comprometerá os investimentos privados na maior parte do valor investido em cada projeto vinculado ao programa.

A expansão do setor de etanol, a implantação da cadeia produtiva do biodiesel, o aproveitamento de resíduos e a expansão de florestas energéticas cultivadas fazem parte das diretrizes para o desenvolvimento da agroenergia.