Tumores com mutações nos genes KIT (Exon 11) e PDGFRA (não-D842V) são sensíveis ao imatinib.

No trial escandinavo SSGXVIII/AIO trial, pacientes com tumores com alto risco de recorrência (diâmetro de tumor > 10 cm, ou contagem mitótica > 10 por 50 campos de grande aumento, ou diâmetro do tumor> 5 cm e contagem mitótica> 5 por 50 campos de grande aumento ou ruptura do tumor), não tiveram benefício de sobrevida livre de doença ou sobrevida global quando receberam 400mg de Imatinib por 36 meses versus 12 meses.

O uso de imatinib no pré-operatório em pacientes que de outra forma necessitariam de ressecção multivisceral ou ainda com intenção de aumentar a chance de preservação de órgãos quando localizado em esôfago, junção gastroesofágica, duodeno ou reto distal, apesar de atrativa, não deve ser usada sem conhecer o status mutacional do tumor.

Há um consenso para tratar de forma adjuvante todos os pacientes com 10% ou mais de risco de recorrência, se o tumor carrega um genótipo sensível.

Sempre que uma decisão para terapia adjuvante é feita, a duração do tratamento de pelo menos 12 meses deve ser considerada, independentemente do risco.