Os genes que codificam as moléculas do MHC estão localizados no cromossomo 6 humano, denominados antígenos leucocitários humanos (HLA) e de histocompatibilidade (H-2), respectivamente. O MHC pode ser dividido em quatro subconjuntos de genes ou classes: classes I, II, III e IV, sendo os de classe I e II ligados ao processamento e apresentação de antígenos. Em humanos, existem três loci que codificam as moléculas de classe I, os quais são denominados respectivamente: