O método utiliza sequências curtas do ácido nucleico, as quais definem a porção do genoma a ser pesquisada, chamadas de perfil de restrição.

O Ministério da Saúde incorporou ao SUS o teste de biologia molecular de PCR, em tempo real (qPCR), para a detecção qualitativa de marcadores genéticos do Mycobacterium leprae.

Por meio de repetidos ciclos de aquecimento e resfriamento da amostra, é possível ativar a enzima polimerase, que induz a contínua replicação de cópias da sequência-alvo, resultando na produção de até mil cópias em poucas horas.

Na etapa inicial da técnica, a fita de DNA é aberta (desnaturada) para ligação das sondas genéticas.

O teste rápido molecular para tuberculose (TRM-TB), baseado na PCR em tempo real, detecta o complexo Mycobacterium tuberculosis, mas não os genes que podem conferir resistência à rifampicina.