A redução da quantidade de material orgânico presente nas superfícies de equipamentos agropecuários, por uso de substâncias químicas ou de métodos físicos, é denominada sanitização.

As desordens do processo metabólico do animal, que causam doenças como a febre do leite, cetose e toxemia da prenhez, podem ser geradas por ingestão ou exposição a plantas tóxicas, substâncias químicas, inseticidas e/ou herbicidas. Tais desordens são caracterizadas como doenças não infecciosas nutricionais.

Como procedimentos de limpeza de instalações e equipamentos agropecuários, inclui-se a remoção de sujidades aderidas nas superfícies dos equipamentos, a aplicação de solução ácida para retirada de sujidades menores e saponificação de gorduras, o enxágue com água e, quando necessária, a aplicação de solução alcalina para retirada de incrustações de minerais, com subsequente enxágue.

Como forma de manutenção da higiene pessoal e boas práticas agropecuárias, os trabalhadores rurais que têm contato direto com os produtos agropecuários devem manter um padrão de higiene pessoal adequado. Cortes e feridas na superfície do corpo devem estar protegidos por curativos ou bandagens à prova de água, sempre e quando não for possível afastar ou substituir esses trabalhadores das atividades.

As instalações sanitárias de uso pessoal, necessárias para manter a higiene e saúde do trabalhador que entra em contato direto ou indireto com produtos agropecuários, devem ser instaladas distante das instalações de produção agropecuária, a fim de evitar potenciais contaminações.