A ressonância magnética não oferece grandes riscos aos pacientes. Por isso, mesmo pacientes que apresentam marcapassos, clipe d e aneurisma e implantes otológicos não removíveis podem realizar o exame.

Antigamente, durante o exame, a máquina de ressonância magnética fazia muito barulho. Eram sons de batidas contínuas e rápidas. Por isso, os pacientes recebiam protetores ou fones de ouvido para atenuar o som desconfortante. Isso já não se faz mais necessário, pois há aparelhos silenciosos na atualidade.

Equipamentos ortopédicos (pinos, placas, articulações artificiais) na área do exame podem causar graves distorções n as imagens, e muitas vezes, pode ser uma contraindicação para a realização da ressonância.

Nas ressonâncias que exigem contraste, a substância utilizada é o iodo, que também pode ser prejudicial para as pessoas com insuficiência renal ou alergias prévias a essa substância, além de ser contraindicado em gestantes.