A vegetação local, como componente fundamental do sistema, deve ser mantida intacta na área de inundação.

A legislação proíbe que se retire a vegetação, exceto os indivíduos das espécies ameaçadas.

O máximo possível de biomassa vegetal deve ser retirado da área de inundação, pois sua decomposição provoca alterações químicas na água

Devem ser retiradas apenas amostras de material fértil da vegetação para se conhecer o que será perdido pela formação do reservatório.

Para evitar problemas futuros para a operação da hidrelétrica e para a navegabilidade, todas as árvores de grande porte devem ser derrubadas em locais pré-definidos.