A irrigação localizada é ideal para a irrigação de culturas agrícolas com efluentes de esgoto tratado, em que a interação entre diferentes agentes é insignificante, ainda que o entupimento dos gotejadores seja um problema.

O controle do balanço de nutrientes na fertirrigação com efluente de esgoto tratado é mais difícil que na fertirrigação tradicional. Os nutrientes no efluente, como o nitrato, nitrito e amônia, nem sempre estão nas formas assimiláveis e no momento exigido pela planta, apesar dos teores consideráveis de amônio e nitrogênio orgânico.

A aplicação de efluente no solo pode atender a demanda da maioria das culturas com nitrogênio, potássio e fósforo, porém este último, por ser um cátion, não possui mobilidade no solo.

Na maioria das vezes, os efluentes apresentam altas concentrações de sódio e podem acelerar a impermeabilização do solo, se aplicados a solos argilosos sem concentrações comparativamente elevadas de cálcio e magnésio.