A autorização especial, concedida pela Secretaria de Vigilância Sanitária do Ministério da Saúde, deve ser obtida para produtoras, distribuidoras e transportadoras das substâncias constantes nos anexos do regulamento técnico.

Os estabelecimentos devem manter o estoque de substâncias e medicamentos da Portaria 344/1998 por até 6 meses de consumo, salvo o estoque de medicamentos destinados aos Programas Especiais do Sistema Único de Saúde.

Notificações de receita A têm validade de 30 dias, enquanto que notificações de receita B, validade de 15 dias.

Os documentos que comprovam as movimentações de estoque devem ser armazenados por até 6 meses, podendo então ser destruídos.