A clorexidina apresenta uma boa substantividade na cavidade oral, cerca de 12h de ação, isso ocorre devido sua natureza dicatiônica.

É uma molécula assimétrica e estável, tendo afinidade com as bactérias, agindo através de interação eletrostática.

A clorexidina pode ser encontrada em concentrações de 0,12%, 0,2%, 1% e 2%, sendo a mais indicada para uso para bochechos a clorexidina a 0,12%, devido apresentar boa eficácia e menores efeitos adversos, quando comparada com soluções com maiores concentrações.

É um fármaco de largo espectro de ação agindo em bactérias gram-positivas e gram-negativas, leveduras, vírus lipofílicos e fungos.

Seu uso por mais de 05 dias é contraindicado devido apresentar efeitos colaterais indesejáveis como descamação reversível da mucosa, manchamento dental, alterações no paladar e aumento dos depósitos calcificados supragengivais.