As principais complicações pós-operatórias na correção da hipospádia são as fístulas, estenoses, infecção e efeito cosmético inadequado.

Na hipospádia pode-se encontrar, em proporções variadas, malformação do prepúcio, meato uretral ectópico e curvatura ventral (corda).

Malformações do sistema urogenital, que se caracterizam por uma abertura ectópica da uretra junto ao sulco bálano prepucial, caracterizam a epispádia coronal.

A complicação mais comum pós postectomia é sangramento.

A correção operatória das hipospádias deve sempre ser realizada ainda no primeiro ano de vida. Independentemente do tipo de hipospádia, a cirurgia preconizada para os lactentes é a ortofaloplastia e neouretroplastia no mesmo ato cirúrgico.