Pode-se compreender a microbiologia ambiental como o estudo da genética, fisiologia, interações e funções dos microrganismos no ambiente. Compreendendo solo, água, ar e sedimentos que cobrem o planeta, incluindo os animais e plantas que os habitam, bem como também estuda microrganismos existentes em ambientes artificiais, como biorreatores, por exemplo.

O uso de agrotóxicos tem se difundido muito na agricultura, nos últimos trinta anos, especialmente no Brasil, que se tornou um dos maiores consumidores desses xenobióticos. Com bons resultados práticos, muitos microrganismos têm sido utilizados na degradação desses compostos em solos ou em efluentes. Entre eles, diversas bactérias degradam agrotóxicos, como as bactérias dos gêneros