O Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal compreende o conjunto das atividades relacionadas à avaliação do cumprimento das metas previstas no Plano Plurianual, da execução dos programas de governo e dos orçamentos da União e à avaliação da gestão dos administradores públicos federais, bem como o controle das operações de crédito, avais, garantias, direitos e haveres da União.

O poder outorgado pelo legislador no diploma geral de licitações e contratos para aplicação da sanção de inidoneidade a licitante fraudador para participar, por até cinco anos, de licitação na administração pública federal compete ao controle interno ínsito a cada Poder, não se confundindo coma atividade fiscalizatório dos Tribunais de Contas.

Empresa Pública não dependente formada por capital permanente da União na proporção de 49% e de Estado Membro na proporção de 51% não se vincula ao sistema de controle interno federal, uma vez não realizar suas atividades com recursos da União, embora esteja tenha participação significativa no capital social daquela.

A Controladoria-Geral da União (CGU) pode fiscalizar a aplicação de verbas federais onde quer que elas estejam sendo aplicadas, mesmo que em outro ente federado às quais foram destinadas; a fiscalização exercida pelo CGU é interna, pois feita exclusivamente sobre verbas provenientes do orçamento do Executivo.

Nos termos da Lei Federal nº 12.846, de 1º de agosto de 2013, compete à Secretaria de Controle Interno da Casa Civil a celebração de acordos de leniência no âmbito do Poder Executivo federal, bem como no caso de atos lesivos praticados contra a administração pública estrangeira.