As unidades de medidas usadas em microscopia são o mícron e o nanômetro, sendo que o mícron equivale à décima parte do milímetro e o nanômetro à milésima parte do milímetro.

A microscopia eletrônica de transmissão usa cortes muito mais delgados em comparação com os da microscopia de luz e, para evidenciação dos tecidos, requer técnicas de precipitação de metais pesados em vez de corantes solúveis em água.

Várias técnicas foram desenvolvidas para preparar os tecidos a serem estudados ao microscópio eletrônico de transmissão. As etapas envolvidas são: fixação, desidratação, diafanização, inclusão em historesina, microtomia e coloração.

O microscópio eletrônico de transmissão permite a visualização tridimensional do objeto.