Uma técnica importante para a separação das proteínas está baseada na migração das proteínas carregadas em um campo elétrico, um processo chamado de eletroforese.

O método de cromatografia por troca iônica explora as diferenças de sinal e da grandeza das cargas elétricas líquidas das proteínas em um certo pH.

Cromatografia por filtração em gel separa as proteínas pela sua afinidade de retenção ao gel.

O processo que combina a técnica de focalização isoelétrica e a eletroforese em Dodecil Sulfato de Sódio (SDS) é chamado de eletroforese bidimensional e permite a resolução de misturas complexas de proteínas.