Os Mapas Conceituais, normalmente, têm uma organização hierárquica e, muitas vezes, incluem setas. Mas não devem ser confundidos com organogramas ou diagramas de fluxo, pois não implicam sequência, temporalidade ou direcionalidade, nem hierarquias organizacionais ou de poder.

Mapas conceituais são diagramas de significados, de relações significativas; de hierarquias conceituais, se for o caso. Ou seja, são estruturas gráficas que ajudam a organizar ideias, conceitos e informações de modo esquematizado.

Isso também os diferencia das redes semânticas que não necessariamente se organizam por níveis hierárquicos, e não obrigatoriamente incluem apenas conceitos. (Marco Moreira, in: Mapas Conceituais e Aprendizagem Significativa. Adaptação)

Nesse sentido, os Mapas Conceituais não buscam classificar conceitos, mas sim: