Custos indiretos dizem respeito a despesas com insumos ou serviços utilizados em mais de um centro de custo, em que o benefício gerado pelo custo é utilizado por mais de uma atividade produtiva, como, por exemplo, folha de pagamento única, não diferenciada por atividade produtiva, e manutenção de máquinas e equipamentos agrícolas de utilização comum por várias atividades produtivas.