Com a expulsão dos jesuítas e o consequente desmoronamento da sua obra educacional, a ideia de universidade reapareceu de maneira transitória nos movimentos da Cabanagem e Sabinada e quando da transferência da família real para o Brasil.

A primeira Lei de Diretrizes e Bases (nº 4.024/61), ao estabelecer as diretrizes e bases da educação nacional e dedicar, dos 120 artigos que a constituíam, somente 20 ao ensino superior, não conseguiu trazer, para esse nível de ensino, as aberturas ou inovações que chegaram ao nível primário e secundário.

As condições que se foram formando no País, nos anos imediatamente anteriores à I Guerra Mundial, com a vinda de cientistas, pesquisadores e professores de outros países para a Universidade de São Paulo, levaram à criação de um grupo de jovens cientistas brasileiros que elevaram a pesquisa a um nível de importância até então nunca alcançado.

A Reforma Universitária, designação que tomou a LDB nº 9.394 de 26/12/96, fez-se como uma tentativa de levar a universidade brasileira a uma reformulação e atualização dos seus objetivos, da sua estrutura acadêmica, didática e administrativa, numa busca de autênticos padrões de qualidade e funcionamento.

A história do ensino superior no Brasil ocorre a partir da Proclamação da República em 1889, com a Escola de Direito em Olinda (PE), a de Medicina em Salvador (BA) e a de Engenharia no Rio de Janeiro (RJ). Todas essas universidades apresentavam currículos baseados no modelo português.