A palha inibe o desenvolvimento de capim-amargoso, evitando seu aparecimento em sistemas de plantio direto.

Conforme o método utilizado para adubação, a matéria orgânica da palha pode imobilizar parte do fósforo utilizado na adubação.

A adubação com nitrogênio pode ser toda concentrada no início do plantio, pois com a proteção da palha e a redução da lixiviação, a absorção desse nutriente pelo milho se dá de forma intensa no início do ciclo da cultura.

O coró é uma praga com dificuldade de se desenvolver em sistemas de plantio direto: como não há revolvimento de solo, não tem as condições ideais de desenvolvimento.

Algumas doenças do milho também apresentam dificuldades de desenvolvimento em sistemas de plantio direto, como é o caso da antracnose foliar e a mancha branca.