As principais enzimas microbianas relacionadas a decomposição de compostos orgânicos no solo são as enzimas hidrolíticas extracelulares.

As enzimas hidrolíticas extracelulares estando livres na solução do solo, necessitam da presença do substrato correspondente para atuarem, que podem ser uma molécula orgânica oriunda do tecido vegetal ou animal, ou ainda uma molécula orgânica sintética, como os pesticidas agrícolas.

As enzimas hidrolíticas extracelulares mais importantes no ambiente solo destacam-se as enzimas dos grupos celulases, proteases, amilíases e lipases.

Através da ação das enzimas hidrolíticas extracelulares, as moléculas orgânicas se transformam em unidades poliméricas cada vez maiores e são disponibilizados para o ambiente solo na forma de aminoácidos, peptídeos, carboidratos de cadeia longa, vitaminas, ácidos graxos.

Estas moléculas então são capturadas pelas células microbianas e são utilizadas no seu metabolismo.