É uma doença de hipersensibilidade não IgE-mediada, relacionada a sensibilização celular a determinados alimentos e aeroalérgenos

Ocorre um mecanismo misto, IgE e não IgE-mediado, associado com disfunção da barreira mucosa e papel preponderante de citocinas do perfil T2

Ocorre infiltração eosinofílica do esôfago, com detecção de > 15 eosinófilos/campo de grande aumento na microscopia, sendo este um achado patognomônico para o diagnóstico

Há um mecanismo misto de hipersensibilidade, podendo ou não se correlacionar com aumento de IgE, havendo recente descrição do papel da IgG1 específica para certos alimentos na progressão da doença