O período crítico da palatogênese é a partir do final da décima quinta semana até o início da vigésima semana de gestação.

O palato secundário forma a face anterior e a linha média da maxila. Ele representa apenas uma pequena parte do palato duro no adulto (anterior à fossa incisiva).

A fenda do lábio superior resulta da falha de massas mesenquimais de se fundirem nas proeminências nasais mediais e maxilares.

A fenda palatina resulta da falha de massas mesenquimais nos processos palatinos laterais de se fundirem posteriormente às proeminências maxilares, região também conhecida como pré-maxila.

Ainda que nenhum dos pais apresente o defeito embriológico, é provável que a causa dele na criança seja genética, pois essa alteração tem cunho exclusivamente genético.