Inicialmente, os cientistas pensavam que micro-organismos procariontes encontrados em ambientes extremos eram bactérias ancestrais, nomeando-os Archaebacteria, que significa "bactéria antiga". No entanto, Carl Woese, um pioneiro em filogenia molecular, comparou moléculas de RNA ribossomal entre diferentes seres vivos e descobriu proximidades entre arqueias e eucariotos. Isso levou Woese a criar uma categoria taxonômica nova, o Domínio. Atualmente, os seres vivos são classificados em três domínios: Eukarya, Bacteria e Archaea.

São particularidades que distinguem Archaea de Bacteria: